在外云游3年后朱元璋又回到了皇觉寺，这3年时光，朱元璋先后走遍了淮西的名都大邑，这段时间的经历，开阔了朱元璋的视野，丰富了社会经验，艰苦流浪的生活也铸就了朱元璋坚毅、果断的性格，不过也让他变得残忍、猜忌。而这3年也是元末农民起义风起云涌的时期，朱元璋在云游路上关于：“明王出世，普度众生”的谶言已经深入人心了，北方的白莲教也借此做宣传。
1351年，韩山童、刘福通在颍州发动起义，同年8月，彭莹玉、徐寿辉在蕲水起义，1352年，孙德崖、郭子兴在濠州起义。而此时，朱元璋小时候的玩伴汤和给朱元璋写信邀请他加入义军，因为汤和信的内容义军暴露了，不得于朱元璋只能放下钵盂，投奔了郭子兴的红巾军。
朱元璋入伍后，由于他精通文墨且骁勇善战很快便得到了郭子兴的赏识，并荣升为郭子兴的亲兵，不久后，郭子兴又把他的养女马氏嫁给了他，从此军中便称朱元璋为朱公子，朱元璋也正式给自己取名为元璋。
1352年9月，元朝丞相脱脱带兵攻下了徐州，徐州红金主帅芝麻李被杀，其部将彭大和赵均用率兵来到了濠州。不久后，濠州就分了2派，彭大与郭子兴交好，赵均用和孙德崖交好。在孙德崖的挑拨下，赵均用绑架了郭子兴，并准备杀掉他，后来朱元璋在彭大的支持下率兵救回了郭子兴。
濠州的争权夺利让朱元璋意识到，这群人成不了气候，决心依靠自己的力量开创新局面。1353年6月中旬，朱元璋回乡募兵，这个时候徐达、周德兴、郭英等人来投靠了朱元璋，回到濠州后，郭子兴提升朱元璋做了镇抚。
1353年冬天，朱元璋带着徐达、汤和等24人南略定远、南下滁州，扩充到了2万兵源，并招降了元朝大帅谬大亨，得到了冯国用、冯国胜两个兄弟，并任用了李善长做了幕府书记。当攻下滁州后，朱元璋的其侄子朱文正、姐夫李贞带着外甥保儿（后取名李文忠）前来投靠，并从他们口中得知家中的二哥、三哥、姐姐都去世了。此行中，朱元璋还讲孤儿沐英收为了义子。
由于郭子兴在濠州受到了赵均用、孙德崖等人的排挤，因此在朱元璋攻下濠州后不久，郭子兴就来到了滁州，朱元璋二话不说便把兵权交给了郭子兴，这只队伍纪律严明、军容肃整，郭子兴见了很高兴。
1355年，朱元璋一举攻克了和州，在攻打和州时常遇春投奔了朱元璋。当朱元璋攻下和州后，郭子兴任命朱元璋为总兵官，在镇守和州的时候，朱元璋发现军中士兵为非作歹扰民滋事，便立下了军纪，从而赢得了民心。
1355年，郭子兴病逝了，小明王翰林儿任命郭子兴的儿子郭天叙为都元帅，妻弟张天佑为右副元帅，朱元璋为左副元帅。名义上朱元璋的地位比较地下，但是滁州和和州的军队只服朱元璋，因此这只军队的实际主帅是朱元璋。
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