兀良哈三卫早在洪武年间就已经投降大明，但它们与大明的关系总是若即若离，虽然在靖难之役中曾立下汗马功劳，但之后同样与阿鲁台太师来往密切，且多次南下袭击大明边关。朱棣北征时就发觉阿鲁台军中有不少朵颜三卫的士兵，这种情况下，朱棣自然是要予以惩戒一番。
朵颜三卫的建立
朵颜三卫最早源于大兴安岭以东，到女真地区，北抵黑龙江流域，南临西拉木伦河的广大地域的兀良哈部、翁牛特部、乌齐叶特部和札剌亦儿部等蒙古部落。
明朝洪武年间，为了消灭北元残余势力，先后进行了多次北伐。洪武二十年（1387年），冯胜、付友德和蓝玉等率领二十万大军绕道庆州，包围了纳哈楚军队驻地，并迫使其投降。这使得大兴安岭以东的蒙古各部失去了屏障，其驻地直接暴露在了大明的打击范围之内。
洪武二十一年（1388年），蒙古大汗脱古思帖木儿又在捕鱼儿海大败，这不仅使他失去了对蒙古诸部的影响和统治，更使得大兴安岭以东的蒙古诸部处于了孤立无援的境地。这些部落在没有实力与大明对抗的情况下，只能选择臣服。
洪武二十二年（1389年），大明在这一地区设置了朵颜、泰宁和福余三卫，同时封阿札施里为泰宁卫指挥，塔宾帖木儿为指挥同知；海撒男答奚为福余卫指挥同知；脱鲁忽察尔为朵颜卫指挥同知，“各领其所部，以安畜牧”，隶属宁王大宁都司。
朵颜三卫
最初，三卫当中以泰宁卫最为强大，但后来朵颜卫实力迅速壮大，跃居三卫之首。而朵颜卫又是以兀良哈部为主，因而后来也将该三卫称为“朵颜三卫”或“兀良哈三卫”。
朵颜三卫与大明若即若离
朵颜三卫虽然一度依附于大明，但是不久后便又再度反叛，归附北元新汗。于是在洪武二十四年（1391年）四月，明朝又派遣付友德、郭英率军讨伐辽王阿扎失里于挑儿河一带，于是朵颜三卫与明朝关系再度中断。
直到建文年间，因为靖难之役的爆发，朱棣在获取了宁王朱权支持之后，朵颜三卫随大宁军队一同被收编，并在之后的战争中立下赫赫战功。
建文四年（1402年），明成祖朱棣即位之后便派人去招抚兀良哈三卫，永乐元年（1403年）五月再度遣使，三卫之后也遣使前来进贡。之后，明朝“命脱儿火察为左军都督佥事，哈儿歹为都指挥同知，掌朵颜卫事；安出及土不申俱为都指挥佥事，掌福余卫事；忽剌班胡为都指挥佥事，掌泰宁卫事；余及所举未至者总三百五十七人，各授指挥、千、百户等官，赐诰印冠带及白金、钞币、袭衣”。
永乐初年，双方表面虽然相安无事，但兀良哈三卫却多次侵扰明朝辽东广宁等地。而在永乐八年（1410年），朱棣第一次亲征鞑靼时，又发现有兀良哈人加入鞑靼军队。于是在永乐九年（1411年），明成祖再度遣使，对其侵扰大名边境和勾结鞑靼之事予以谴责。
朱棣
但兀良哈三卫对于朱棣的谴责似乎并未放在心上，不仅依旧与鞑靼来往密切，且曾在阿鲁台受到打击的情况下，多次对其予以援助，甚至听从阿鲁台的调遣。而一些不愿服从控制的部落，也遭到阿鲁台的镇压，于是一部分福余卫人放弃驻地，逃往海西女真地区。
朱棣对其进行惩戒
朱棣第一次北征，鞑靼损失惨重，瓦剌则趁机崛起，并多次掠夺大明边境；于是朱棣又进行第二次北征，重点打击瓦剌，瓦剌又损失惨重。之后，历经数年发展，鞑靼再度趁机崛起，于是再度改变对明朝的依附政策，不仅侮辱或居留明朝派去的使节，还时常对明朝边境进行劫掠，而在这其中，同样有着朵颜三卫的影子。
永乐十九年（1421年）初冬，鞑靼围攻明北方重镇兴和所（元中都），杀死明指挥官王祥，这其中同样有朵颜三卫的参与。
阿鲁台
于是在永乐二十年（1422年）三月，明成祖再度率军北征，然而明军主力刚刚到达宣府东南的鸡鸣山，鞑靼太师阿鲁台得知明军来袭之后，连忙逃离兴和，避而不战。七月，明军进抵煞胡原，在得知鞑靼已经逃走后，朱棣便停止了追击。
在回师途中，朱棣率军深入屈裂儿河流域，对不断支持阿鲁台的兀良哈三卫发动进攻，使其受到极其惨重的伤亡。这次行动可以看作是对兀良哈三卫助纣为虐的惩戒，瓦解了其战斗力。
然而明成祖之后，随着仁宣二帝的战略收缩，而朵颜三卫又想要获取大宁地区的驻牧权，遭受打击的兀良哈三卫不仅没有屈服，反而不断南下，最终在15世纪中期，他们成功来到了明长城边外驻牧。
