对于正二品的袁崇焕大胆杀了正一品的毛文龙，历来有各种说法。多数依据是两部史书《明史》、《明季北略》，但两部史书的说法不同，人们阅读时也会有不同的理解，从而分成了拥袁派、拥毛派。两派对袁崇焕杀毛文龙的理由却是一致的：矫诏！
一、先来看《明史》的记载
网上的历史爱好者中，很多人认为《明史》是最不靠谱的。那么，不靠谱的《明史》是如何记述这段历史的呢？说是袁崇焕以阅兵为名，在岛上与毛文龙相见，二人喝酒常到半夜。袁崇焕想在毛军中设监司，毛文龙不满。又劝毛文龙离职回乡，毛文龙不同意，并说我最了解这里，等战事结束，朝鲜衰弱，可以一举占有。
这三件事坚定了袁崇焕的杀心。他就请毛文龙去观看士兵射箭，在山上设帷帐，身穿铠甲的士兵埋伏起来。毛文龙来后，他手下的士兵不能入帐。袁崇焕和毛文龙一起登山，问起随从军官，多是姓毛的。毛文龙说：“这都是我的孙子。”
袁崇焕说：“你们在海外拼命，每月俸禄米粮只有一斛，让人痛心，请受我一拜。”然后质问毛文龙，让人扒掉他的帽子和袍带，捆了起来。见毛文龙不服，袁崇焕就发布了知名的“十二该杀”之罪：
1、按祖宗法度，武将在外，受文官节制。你现在是一人专制，不接受军马钱粮的核查，这是一该杀。
2、你送给皇帝的奏章连蒙带骗，用杀害投降士兵、难民的办法充数，冒领战功，这是二该杀。
3、你上书称，只要在登州驻兵，取南京易如反掌，大逆不道，这是三该杀。
4、每年得到饷银几十万，不发给士兵，只向士兵每月发放三斗半米粮，这是四该杀。
5、私自在皮岛设马市，私自和朝鲜人来往，这是五该杀。
6、你部下几千人假称和你同姓，副将以下有布帛上千匹，你的轿夫都穿着官服和袍带，这是六该杀。
7、从宁远败退的途中，劫掠海上的商船，完全是盗贼行径，这是七该杀。
8、强娶民女，不懂法纪，部下也效仿，百姓不得安宁，这是八该杀。
9、让难民帮你盗挖人参，不听从的被饿死，岛上累累白骨，这是九该杀。
10、送一车的金子去京城，拜魏忠贤为父，在岛上塑他加冕冠的像，这是十该杀。
11、铁山一战被打败，死伤不计其数，却掩败绩为战功，这是十一该杀。
12、皮岛设镇8年，不能收复一寸土地，只是观望姑息，实为养敌为患，这是十二该杀。
史载，毛文龙听后无言以对，叩头请求免于一死。袁崇焕磕头请求皇帝旨意：“今天杀毛文龙整顿军纪。将领有和毛文龙一样的都要杀。我将来如果这样，皇上也像杀毛文龙一样杀我。”于是取下尚方宝剑在帐前把毛文龙的头砍了下来。
杀掉正一品的毛文龙后，袁崇焕上书崇祯：“毛文龙是大将，我本不能擅杀，请皇帝致罪于我吧。”崇祯先是大吃一惊，但想到毛文龙已死，又要指望袁崇焕，只好下诏肯定袁崇焕，又传旨公布毛文龙的罪行。
二、再来看看《明季北略》的记载
袁崇焕走马上任后，禁止登莱商船到皮岛，毛文龙军中粮饷，从朝鲜贡道到宁远，由宁远分配给毛文龙，不许直接到皮岛。商业不通，皮岛缺粮，军民以野菜为粮。毛文龙当时号称有兵11万，朝廷“治饷”，开始定额10万人的粮饷，最终定额为2.8万人。
毛文龙于是“上章请饷”，要求粮饷不从宁远转运，被袁崇焕拒绝。随后袁崇焕致书毛文龙：听说皮岛缺粮，特发下饷银10万，请到双岛共议灭敌大计。毛文龙对儿子毛承禄说：过去给我减粮，现在又发粮，挺奇怪。
对此毛承禄说，袁崇焕曾和清兵议和，现在又要灭敌，一定别有意图，不能去。毛文龙说，战与和自古就是兵家常议之事，我和袁崇焕都为朝廷出力，不必猜疑。于是和部将20人、家丁百人，带兵3000赶到双岛，“进谒崇焕，慰劳甚至”。
次日，袁崇焕犒劳毛文龙，发放银两和米粮、布匹，设宴款待毛文龙。刚坐下，有人来报清兵万余人正在渡河东行。袁崇焕派兵防范，只留下数百人。第三天，袁崇焕登岛，又犒师。对毛文龙说，今后以旅顺为界，东边你管，西边我管。
毛文龙答应了。又有人来报“河西有警”，袁崇焕对毛文龙说，希望借你的兵前去防范。毛文龙马上下令自己的人马前去。第四天，袁崇焕命把毛文龙招来军中，他的部下被阻挡。袁崇焕对安抚毛文龙的部下后，与毛文龙展开了如下一番对话：
袁：我节制四镇，实行海禁，封锁清兵。因担心安全，要求东江粮饷从宁远过，你为何非要经过你的皮岛。而且你虚耗国家钱粮，要你东江何用？
毛：此言不对，我当年以义兵90人夺取皮岛，没用朝廷一斗米一寸铁，现在聚集辽沈难民90余万，占领海中各岛，各为犄角，以义取朝鲜粮饷，以信与商人交易，屯田铸铁，杀敌收复城池，六七年里只接受了150万饷银、米粮90万石，为何说我虚耗钱粮？
袁：和你谈了三天，哪里知道你狼子野心，欺诈国家。如果不杀你，脚下这块土地，将来难道还会被朝廷所有？
毛：你只是节制四镇，哪有权利杀我？
袁：今天杀你不是我的意思，是皇帝的旨意。
此言一出，人们都脸色大变。毛文龙却从容自如，说：“既然是皇帝的旨意，我也不辨狗解了。”于是就面向西，对京城方向叩拜：“臣文龙有负朝廷很久了。”袁崇焕命旗牌官张国柄持剑杀掉了毛文龙。
袁崇焕说，只杀毛文龙一人，其他人都保留原职。同时上奏崇祯，陈述毛文龙有十二罪，并要求皇帝治自己擅杀大将之罪。崇祯劝慰袁崇焕安心于战事，并下文嘉奖了他。
看后两部史书的描述，基本可以得出如下结论：
1、袁崇焕认为毛文龙的皮岛军事制约作用有限，而且虚耗钱粮，冒领军功。
2、毛文龙在皮岛大开贸易，挣朝鲜人的钱，也挣大清军的钱，其实暗中资助了清兵。
3、与毛文龙三天的谈话中，毛文龙不愿受文官节制，而且有想趁乱占领朝鲜自立为王的打算。
《明季北略》载：袁崇焕因担心驾驭不了毛文龙，上任前与大学士钱龙锡商议，想处死毛文龙。此时，明朝降将李永芳献计皇太极：出兵关内，毛文龙会背后偷袭，不如写信袁崇焕，让他杀毛文龙，假装归还辽地，因为袁崇焕曾给皇帝立誓“五年复辽”。
皇太极依计从事。复辽心切的袁崇焕果真上当。《明季北略》称“崇焕捏十二罪，矫制杀文龙，与秦桧以十二金牌矫诏杀武穆，古今一辙。”翻译一下：袁崇焕捏造了十二项罪名，矫诏杀掉毛文龙，这种做法和当年秦桧用十二道金牌召回岳飞杀掉，性质完全是一样。
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