明英宗之所以杀于谦，有两个原因，一是石亨、徐有贞等人进谗言，二是则来自英宗对于谦的报复。
一、石亨等人的陷害
景泰八年正月，石亨、曹吉祥，徐有贞等人发动明朝历史上有名的“夺门之变”，被尊为太上皇的朱祁镇在石亨等人的拥戴下，强势复出，重新夺得皇位。
等朱祁镇上位后，在朱祁镇的授意下，石亨等人便立即把于谦和王文逮捕下狱，并诬陷于谦和黄耾等人制造不轨言论，要另立太子，又和太监王诚、舒良、张永、王勤等策划迎接册立襄王的儿子。石亨等人抓住这一点，让言官弹劾于谦。
诬谦等与黄竑构邪议，更立东宫……与黄亨等主其议，嗾言官上之。——《明史·于谦传》
在言官的弹劾下，当时的御史萧惟祯和石亨等人沆瀣一气，便对于谦定以谋逆的罪行，并处以极刑。
都御史萧惟祯定狱，坐以谋逆，处极刑。——《明史·于谦传》
当把于谦的“罪名”和处置结果上报给英宗之后，此时的英宗尚有一点儿良知，然后对石亨等人说道：“于谦是有功的”，但英宗这样认为，石亨等人却不这样认为，他们只知道，有于谦在，他们的荣华富贵都会打了水漂，以后在朝中也会如坐针毡。于是，他们使出了杀手锏——中国历代王朝最看重的“正统”问题，给英宗说道：“如果你不下令杀于谦，那么咱们的这个夺门之变将是有名无实的。”这句话一出来，本来还在犹豫的英宗一下子坚定了杀于谦的决心。
奏上，英宗尚犹豫曰：“于谦实有功。”有贞进曰：“不杀于谦，此举为无名。”帝意遂决。——《明史·于谦传》
然后，英宗再次登基仅仅五天之后，便将这位曾经力挽狂澜，再造大明的功臣于谦斩于闹市。一时之间，天怒人怨，人神共愤！
二、明英宗对于谦的报复
英宗被也先抓住后，瓦剌为了迫使明朝屈服，在明朝叛变太监喜宁的建议下，让瓦剌在向明朝索取赎金的同时，企图利用明英宗骗开城门，然后一举拿下中原。具体的操作方法就是：瓦剌大军兵临城下，并不开打，而是先叫守将在城头说话，然后把朱祁镇领出来给城内的人看，并传达所谓皇帝的意旨，打开城门。
企图利用这种方法迫使守城士兵就范，这一招可谓是狠毒，如果真的打开了城门，那明朝就玩完了，如果不开城门的话，那就是对皇上的不尊重。好在当时守城的将军是于谦，他从民族大义出发，并没有因为英宗一个人而葬送整个明朝，没有打开城门。瓦剌一看自己的目的没达到，又不想与明朝真正撕破脸皮，只好撤军了。
但是，这样一来，就得罪了英宗，别以为英宗宽宏大量，从他后面杀于谦就知道他是一个什么人了，完全就是一昏君，虽然他后来废除了殉葬制度，但这也不能使其洗白自己。到英宗复辟之前，他固然心中怨恨于谦，但这时他拿于谦是毫无办法的，然而，当他重新坐上那个位子上时，重新掌握大权时，他心中潜藏的仇恨就会被激发出来，再加上曹吉祥、石亨等人从中蛊惑，所以，英宗便下了杀于谦的决心。
总结
归根结底，这一切都是英宗的错，他为了一己私利，为了自己皇位的稳固，不念及于谦曾经为大明江山所立下的汗马功劳，只知道于谦不死，他的皇位便不稳固。基于这个原因，所以他才敢冒天下之大不韪，对这位曾经在大明朝最危险的时候，力挽狂澜之人，拯救了大明朝的于谦举起了屠刀。
最后，回顾一下于少保在死前留下的一首诗：
千锤万凿出深山，烈火焚烧若等闲。
粉骨碎身浑不怕，要留清白在人间。
