按照真实历史来看的话,朱允炆是不太可能打败燕王大军的。即使是打败了燕军,也不太可能杀了燕王朱棣全家。
在交通不发达的冷兵器时代,定都南京,获得战略的纵深,京城得到安全;同时,与民休养生息,发展起来强大的经济实力;至于军事,督抚制度下的明朝军事不会太弱;能打赢燕王,杀燕王全家的朱允炆也绝非等闲之辈,自然不会对北方游牧民族放任不管。所以,在假设的情况下,明朝可能会发展的更好。
但是,历史上的朱允炆的确过于理想化,过于宽仁,甚至迂腐,所以,他不可能打赢靖难之役。如果让这样的朱允炆执掌大明,后果的确不堪设想。至于都城么,在南京建都,还是要比在北京建都有优势,至少不会休克灭亡。