朱允炆决定下葬朱元璋后又发生了什么?这同样是一个谜团。
原来，在葬后不久即传出，朱元璋不是葬在孝陵，而独葬朝天宫。就是今天南京王府大街向南千米右手旁边的朝天宫，具体地点是“世传三清殿下为明祖真葬处”。在前人的文字中同样可以找出这方面的记载，清代浙东学派代表人物全祖望的《从朝天宫谒孝陵》称，“钟阜衣冠是与非，朝天弓剑更传疑。难寻玉匣珠襦地，但见神功圣德碑。开国谅无惭汉祖，嗣孙底是学曹丕。当年可笑山陵使，乱命何人为弼违(自注云：世传高皇帝龙蜕在是宫，不在陵也)。”这里说的很清楚了，明孝陵仅是朱元璋的衣冠冢，而真正阴间“睡觉”的地方在“宫”(朝天宫)。
除此之外，民间还有一个说法，来验明这个观点。据说当年孝陵内每到夜里就传出一个妇人的哭声，原来这是马皇后的哭声，后来大搞法事才没有了哭声。马皇后为什么要哭?说是一人空守一座孤坟，悲伤所致啊，“后来孝陵传夜哭，应缘马后悲孤独”，即是这个说法。
朝天宫，宋代时为天庆观，元代叫元妙观、永寿宫，朱元璋定都南京后，改为朝天宫，那时“百僚朝贺习仪于此”。葬在朝天宫这种说法，倒是给朱允炆“速葬”朱元璋、大摆迷魂阵、十三城门出殡找到了合理的解释和可能性，朝天宫在城里，速葬起来很方便的;如果葬在孝陵内，就没有必要搞假象。但后世好多学者都不信。
清代文人甘熙就不认可，其所著的《白下琐言》称，朱元璋花了几百万的银子，造了十几年(洪武九年即1376年，朱元璋决定在此建造自己的陵寝)，总不应该为马皇后一个人造的吧。而且，朱允炆是很讲孝道的一个仁义皇帝，也不忍心把朱元璋葬在陵外的地方啊。
后来又传出，朱元璋不是葬在孝陵、也非朝天宫，离开了南京城，选葬在北京的万岁山。清人赵执信《万岁殿》称，“明祖手持一杯酒，布衣刘季真吾友(太祖祭历代帝王庙，惟汉高祖前加酒一杯，理由是只有刘邦和他一样，是从个平民老百姓当上皇帝的，即‘惟公与我起布衣而有天下’一说)煤山万寿耸峥嵘，犹是因依万岁名。”
后经考证，这是以讹传讹，不可信。甘熙即说，“万岁山在燕京，其时方以会葬不从，兴师靖难，焉有奉移梓宫不远数千里而往之事?”我也这样认为，如果真是这样，朱棣造反第一理由又从哪来?
但朱元璋到底是否真的葬在孝陵内，现在并没有学者能说“一定”二字。我曾向原在孝陵博物馆工作的中山陵园管理局文物处副处长廖锦汉先生请教过此事，廖称，在明孝陵“申遗”之前，中山陵园管理局曾专门请南京大学等相关的技术、史学专家，经数年科学探测、考古，证明明孝陵地宫未曾被盗，完好无损。
后来我再从相关专家处了解到，1998年开始，江苏省地震局地震工程研究院的专家在宝城内，采用无损磁测法(GPM技术)，已经明确发现在宝顶地下深处有一个面积达数千平方米的建筑空间，而且还找到了进入这个空间长达百米的通道(墓道)走向和入口，无疑宝顶下存在的这个巨大建筑空间只能是明孝陵的地宫，而地宫的入口就在明楼东侧十几米处现呈下沉错位、有裂口的宝城城墙下面。
但这并不能证明朱元璋的尸骨就在地宫中，真相恐怕只有等到开挖明孝陵的哪一天才能最终揭开!但这个日子恐怕如开挖始皇陵一样，目前还不可能，很遥远，这也是说，朱元璋到底葬在哪，在相当长的时间内，仍将是一个谜!
