从史书文字上的记载来看，朱元璋并没有杀刘伯温。害死刘伯温，及其长子刘琏的直接凶手是时任丞相胡惟庸。但是，如果没有朱元璋的纵容，胡惟庸是不敢这么胆大妄为的。所以，刘伯温、刘琏之死，朱元璋是有责任的。
刘伯温的次子刘璟，也不能说是被朱棣杀害的，应该说是靖难之役后，刘璟为了坚持自己的信念，甘愿以死守节，才在狱中自缢身亡。
朱元璋故意纵容胡惟庸杀害刘伯温
朱元璋是一个非常缺乏安全感，而且多疑的人。他只相信自己，希望所有的事情都掌控在自己手中。因此，加强中央集权和君主专制，是朱元璋必然要做的事情。
明朝建立之后，朱元璋的多疑，迫使朱元璋不再信任刘伯温。
刘伯温在明朝的统一战争中，神机妙算，运筹帷幄，朱元璋看到的事情刘伯温能看到，朱元璋看不到的，刘伯温也能预料到。这让朱元璋在刘伯温面前非常缺乏安全感，他根本无法掌控刘伯温，按照朱的性格，必然会打压和排挤刘伯温。
这一点，即使是放到现代生活中，也是大忌。把领导的一切东西都给看透了，把领导搞成了透明人，领导会很不安。换位思考一下，如果你处在领导的位置，身边有这么一个人，你的一切都不出他的预料，也会觉得这是很恐怖的一件事。
刘伯温除了料事如神之外，做事还比较讲求实效，换个说法就是有点腹黑。刘伯温说话也是直来直往，不会隐藏自己，用比较委婉，或者启示的方式去谏言。
在对待朱元璋名义上的主子小明王韩林儿的问题上，朱元璋每年还要做做表面文章，对着个空椅子拜一拜，表示尊奉。而刘伯温却从来不拜，还振振有词：“牧竖耳，奉之何为！”意思就是，一个牧童而已，尊奉他做什么。这话伤人的，朱元璋也曾做过放牛娃，时不时想起来，这都是一根刺。
等韩林儿被元军围困了，朱元璋作为名义上的臣子要去救援。刘伯温又说：“汉（陈友谅）、吴（张士诚）伺隙，未可动也。”不让朱元璋去救。这一件事，让朱元璋觉得刘伯温根本就不将儒家的君臣、信义放在心上，这对于朱元璋而言，太恐怖了。
朱元璋又向来是坚持防患于未然的，哪怕是帮朱元璋干了脏活，反倒更容易引起朱元璋的猜忌。朱元璋会认为此人以后也可以对他干出同样的事情。这是朱元璋最大的弱点。不管怎么做，都要死，比如廖永忠淹死韩林儿，涂节举报胡惟庸，最后廖永忠和涂节都被处死了。做朱元璋的臣子，的确很累。
在朱元璋这里，没有人不可以死。那么，刘伯温的结局也就可以预料到了。
朱元璋开始是搞平衡，让淮西的李善长、胡惟庸，跟浙东的刘基、杨宪相互斗争，再加上一个中间派汪广洋，用来进行监视。但是随着斗争的深入，朱元璋觉得对立的两派都有可能架空他，都不能留。而中间派干脆是个甩手不干活的，看到的所有事情都不向他报告。这让朱元璋非常生气，开始着手废除丞相之职。
朱元璋要废丞相，那丞相就要犯错，最好用的手段就是“捧杀”。因此，他先纵容杨宪弹劾了汪广洋，然后提拔杨宪做了左丞相。之后，又很自然的听信了李善长的弹劾，杀了杨宪。再后来，又开始宠信和纵容胡惟庸。
按照《明史》的记载，胡惟庸多次让人构陷刘伯温，迫使刘伯温返回并滞留京师。原本丞相位空了很久，朱元璋却故意任命胡惟庸为丞相，继续给刘伯温施压。刘伯温忧愤交加病倒，朱元璋又故意让胡惟庸派医生去给刘伯温看病。
胡惟庸与刘伯温之间的矛盾，朱元璋是很清楚的。朱元璋还让胡惟庸干这件事，意图很明显。胡惟庸也不是傻子，自然心领神会，向刘伯温下了毒。
刘伯温中毒后，腹中出现拳头大、石头般的异物，他跑进宫去跟朱元璋诉说。朱元璋原本就知道是怎么回事，也就是简单的安慰一下。朱元璋就等着刘伯温毒发去世了，彻底摆平了浙东派，淮西派的胡惟庸只会更加的肆无忌惮，他就可以进行下一步了。
朱元璋还算是有点情义，刘伯温病情恶化，他便让刘伯温长子刘琏陪同，派人护送刘伯温返乡，让刘伯温在家乡去世。
刘伯温死了，在朱元璋的纵容下，胡惟庸又逼死了刘伯温的长子刘琏，迫使刘琏跳井自尽。
朱元璋为什么要这么做？
很简单，纵容么，胡惟庸的罪过越大，他以后杀胡惟庸，永久废除丞相位，就越有道理。而且胡惟庸的党羽越多，他就越有理由将其一网打尽。事实也是如此，等到时机成熟了，朱元璋就要开始收网了。
朱元璋借胡惟庸之子出车祸，胡惟庸怒杀马车夫一事，“命偿其死”，就是让胡惟庸以命抵命。这不是明着逼胡惟庸造反么。同时，朱元璋还放出风去，让人举报胡惟庸。胡惟庸的同党涂节见状，就举报了胡惟庸要谋反，以及毒杀刘伯温的事情。
胡惟庸案发，朱元璋顺利废除了丞相一职，还一举剿灭所有他认为不可靠的大臣。不能不说，朱元璋的确厉害呀。
朱棣并未杀害刘伯温次子刘璟
这件事情就相对比较简单了，事实清楚明确，没有那么多的遮掩。
朱棣发动“靖难之役”，不管怎么说都是谋反篡位。
刘璟却是一直忠于朱元璋，以及朱元璋指定的接班人朱允炆的。所以，朱棣继位后，召见刘璟，刘璟却不肯定称朱棣为“皇上”，“陛下”，还是以“殿下”相称。
最主要的是，刘璟还对朱棣说：“殿下百世后，逃不得一‘篡’字。”
刘璟要气节，朱棣作为皇上，也不能就这么把气给憋着，当什么都没发生吧。刘璟这是在挑衅朱棣继位的合法性，那朱棣至少要表示表示吧。朱棣下令将刘璟下狱，刘璟自己在狱中自缢身亡。这只能说是刘璟自己的选择。
如果刘璟肯辅佐朱棣，朱棣必然会厚待刘璟。刘璟死后，有人向朱棣谏言连坐刘璟家人。但是朱棣因为刘伯温的缘故，不许。
相对而言，朱棣年少时，因为母亲及庶子身份的原因，心情上多有不快，但安全感上明显比朱元璋要好多了。因此，朱棣在处置大臣上，多是下狱、圈禁、贬官罢职，杀戮少了很多。
