日本第一代天皇到底来自哪里，我国史学界曾经流行一种说法，认为神武天皇就是徐福，是秦始皇派来寻仙药的。最重要的历史论据是：据《史记》记载，公元前210年，徐福奉秦始皇之命，率领童男童女三千人和百工，携带五谷子种出征乘船过江。乘船泛海东渡成为历史上第一个东行至今的人。不仅我国人这样认为，就连日本很多人也有同样的看法。日本前首相羽田勉自称是徐福的后裔。日本人尊徐福为司农神和司药神。直到现在，日本还继续保存着许多遗址，包括徐福墓、徐福行宫和徐福登陆碑。每年秋天，佐贺地区的人们都会向供奉在金柱神社的徐福献上初水。每隔50年，都会举行一次盛大的纪念活动。但这些都不足以说明天皇的来历。天津社会科学院日本研究所王金林教授对《国际先驱论坛报》表示，徐福东征的历史争议很大；并且没有可靠的史料可以证明，即使是真的，《史记》也没有说明徐福是在哪里渡海的。
他进一步解释说，日本近代帝制的某些部分起源于我国，生活特征和信仰比较相似。但这并不能证明我国人就是日本天皇的祖先。对此，南开大学日本研究所教授李卓表示赞同：虽然在古代秦汉时期，我国大乱，大量我国人逃往日本移民，但很难说（日本天皇）是否起源于我国。比起天皇血统来自我国，天皇血统来自的说法似乎更有基因论据。据报道，20世纪80年代，考古学家对一具日本本土人的骨骼进行了DNA测试，得到的数据与现代日本人的数据大相径庭，只与北海道现存的少数民族群体保持稳定；东京大学医学院 2003年，德勇胜志对比了东亚人第六条染色体的HLA基因，发现日本人不像冲绳人或北海道爱人，更像韩国人。另一个广为流传的例子是，明仁天皇在他 68 岁生日时承认，菅武天皇的母亲是古代百济国王的家族成员。他的依据是日本编年史中的明确记载：公元781年即位的桓武天皇的母亲，是古代百济王室成员。对此，浙江大学历史系副教授王海燕问道：明仁天皇之所以这样说，可能是出于其他目的，比如外交方面的考虑等。即使事实证明他是；，这将无形中回到当年。日本侵略提供了一个很好的借口。据悉，另有考古证据证实，古代日本是由许多从东北亚迁徙而来的部落国家和游牧民族融合发展而成。当时是部落战争时期，由于生产力相对发达，来自我国和的部落国王能够在战争中占据强大的地位，最终联合其他部落成为开国天皇。从陪葬品的考古结果来看，镜子和刀是早期帝王陵墓的主要祭器。与中期早期的古墓葬相比，帝王陵墓中出土的大陆贵族生活物件，如金饰、玉饰等，以及马具等要多得多。据此及其他史料，有专家认为，5世纪以后的天皇与先天皇实际上并不属于同一家族，而现在的皇室则来自北九州地区。王金林的看法是，根据他多年的研究经验，天皇的起源可能最终还是要从日本大和民族本身找起。王海燕认为，日本开放部分天皇陵墓，并不意味着天皇在日本不再神圣。从另一个角度来看，这说明日本这个始终依赖外来文明崛起的民族，希望通过陵墓的开挖，告诉世界自己的文明也很好。
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