作为成吉思汗的第22世孙，林丹汗在13岁时就继承了蒙古大汗之位。从出中原的元顺帝妥欢帖木儿，到蒙古中兴的达延汗，再到林丹汗，历代大汗都怀着一个“复大元的一统天下”的梦想。
北元在林丹汗的手中，一度兵强马壮，拥有八大营二十四部，“东起辽西，西尽洮河河，皆受察（察哈尔部，林丹驻地）要约，威行河套以西矣。 ”。
然而谁也没有料到，实力强劲，又有明朝暗地支持的林丹汗最终居然败给了后金的皇太极，不仅让自己成为“蒙古最后一位大汗”，还使曾经辉煌无比的蒙古沦为清朝附庸。
17世纪初，明朝的衰败给林丹汗的崛起创造了绝佳的外部环境。“彻底消灭蒙古政权”是明朝的既定目标，虽然自永乐之时入守势，但明军强大的军事压力始终是蒙古崛起的巨大障碍。
明朝衰落后，不仅放松了对蒙古各部的分化瓦解，反而要拉拢林丹汗对抗在辽东新兴的女真政权。为此明朝不仅允许开放互市通贡，每年还赏赐巨额岁币，林丹汗因此有实力对蒙古再次整合。
林丹汗继位之初，蒙古依然四分五裂，大汗只是名义上的诸部之首。明朝将其称为“穷饿之虎”，可见蒙古汗权衰落之严重。然而经过十余年的韬光养晦，1615年趁辽东明军松懈之时，林丹汗利用骑兵的速度优势，突袭义州，明朝对其评价又改为“虏中之王，尤为桀骜”。
“谋返河西”成功后，林丹汗不断进犯明朝边境，蓟辽总督的奏报中说道“辽左三面当虏，烽火接日”，同时由于后金政权的崛起，明朝也主动示好，双方互市通商，暂停大规模武装冲突。
与明朝结盟的同时，林丹汗不断对内进行整合，但这个过程并不顺利。科尔沁部是成吉思汗二弟哈撒儿的后裔，虽然效忠于察哈尔部，但因为是漠南强部，所以最先与林丹汗发生冲突。
1625年，林丹汗联络喀尔喀蒙古进攻科尔沁，双方在今天的辽宁开原附近发生交战。11月，林丹又趁“乘河水未结，草未枯时”对再举进攻，科尔沁部不得不向后金求援。努尔哈赤派三子蒙古尔泰、四子皇太极领兵来援，林丹汗不战而逃。
次对科尔沁作战失利后没多久，喀尔喀助明军征讨后金又遭遇失败，然而这时林丹汗因喀尔喀遇事不向他禀报，又和明朝、后金暗中联络而怀恨在心，于是在喀尔喀新败之际，对其发兵攻掠。
除了对科尔沁和喀尔喀实施武力征服外，林丹在击败了毗邻喀喇沁部后又一路乘胜追击，一直打到了土默特部的赵城（呼和浩特）。林丹汗的不断扩张激起了蒙古诸部的恐惧与反抗，1628年，喀喇沁联合鄂尔多斯、喀尔喀等部约十万兵力与林丹汗的4万人马会战于赵城。
在后金的支持下，林丹汗几乎全军覆，此后蒙古诸部纷纷脱离北元，投靠后金政权，林丹汗的地位发生根本性改变。后来在后金的不断进攻之下，林丹率领察哈尔部一步步西迁，最终向败亡。
林丹汗原本“士马强壮、横行漠南”，驻地察哈尔不仅位于蒙古诸部的中心，而且还是明朝与后金的中间地带，战略位置险要。后金和蒙古都试图拉拢林丹汗，而他制定的“联明抗金”的政策也是符合蒙古利益的。
但是作为蒙古诸部的首领，林丹汗并没有处理好蒙古内部的利益纷争。在内部整合过程中，林丹汗不断发动战争，但却没有能力完全降服右翼诸部。后来察哈尔部从辽河流域西迁到鄂尔多斯、河套地区时，又以“顺者昌、逆者亡”为主导思想，不断对左翼诸部进行打压和抢掠，被蒙古王公指责为“骨肉相残”。
林丹汗的对蒙古的整合看似蒸蒸日上，实际上是外强中干。军事上无法完成对诸部的整合，长期的战乱对蒙古的军事和经济实力造成了巨大的损失。原本富庶的蒙古右翼因此元气大伤，在客观上为后金的拉拢创造了条件。
在对待明朝方面，后金进攻广宁时，林丹汗按兵不动，致使广宁陷落。明朝对于林丹汗的“骑墙”做派非常不满。广宁是蒙古与明朝重要的通商口岸，广宁丢失后，察哈尔部被迫西迁。
在这个过程中，林丹汗多次要求增赏，但明朝认为他“名为盟友，实乃挟赏”，而且牵制后金的作用不断弱化，最终拒绝了增赏的要求。林丹汗一气之下，纵兵劫掠明朝边境，这样蒙古与明朝的盟友关系彻底破灭。
林丹汗被彻底孤立后，皇太极联合被察哈尔部压迫的诸部发动了两次御驾亲征，林丹汗一败再败，最终走死青海，妻子儿子被迫率领部众向皇太极投降。
