明神宗亲政之初，明朝先后有三次大规模军事行动并均以明朝中央取胜告终，被史家合称万历三大征，即宁夏之役、朝鲜之役、播州之役。
一五九一年二月，宁夏哱拜发动叛乱。哱拜本是鞑靼部落酋长，在嘉靖年间内附，屡立战功，升都指挥，一五八七年以宁夏副总兵致仕，其子哱承恩袭任。因为久居宁夏，哱拜父子因被边官倚仗而逐渐骄横，但是巡抚党馨却总是加以抑制，因此矛盾逐渐激化。结果，哱拜父子于当月十八日发动叛乱，入城杀死党馨。三边总督魏学曾在花马池得知叛乱，遣使招降。哱拜要求明朝准许其自专，世代镇守宁夏，被拒，因而遣使四处出击，攻克灵州等城，庆王出逃灵州（宁夏吴忠），庆王妃自尽。全陕震动。
三月，总督魏学曾檄派军进剿，接连取胜，但是哱拜联络蒙古，使得明军疲于奔命。此外，明朝起复被免职的原宁夏总兵麻贵。四月，明朝任命李如松为宁夏总兵，率军前来平叛；新任宁夏巡抚朱正色、甘肃都御史叶梦熊也率军前来支援。六月，明朝各路大军抵达，开始围攻灵州。七月，三边总督魏学曾因有意招抚而被弹劾罢官，改由叶梦熊代为三边总督。同时，明军引附近水源，水淹城池，并击败蒙古援军。九月，参将杨文率领浙兵抵达。叛军因粮尽援绝而产生内讧。旋即城破，李如松围攻哱拜，哱拜投降自缢，阖室自焚。由此，叛乱平定。
十一月，明朝论功行赏，李如松排名第一。
宁夏之役实际上只是明朝边镇的一场叛乱而已，整个过程乏善可陈。但是此战有一个亮点，就是为求平叛，明神宗在兵部尚书石星的建议下，赐魏学曾尚方剑。这是明代第一次将尚方剑授予监察官员以外的前线文武大臣。
一五九二年三月，日本关白丰臣秀吉进攻朝鲜。丰臣秀吉于一五八八年完成对日本的统一，结束战国时代，旋即着手进攻朝鲜、大明，一五九一年遣使要求朝鲜借道，协助日本进攻明朝，被朝鲜拒绝，因此丰臣秀吉派九军十五万人，分走水陆，进攻朝鲜。朝鲜承平二百年，武备松弛，放弃抵抗，结果日军登陆之后长驱直入，只十七天就在五月初二进入汉城（今首尔）。朝鲜宣宗逃至鸭绿江边，请求内附。随之，丰臣秀吉大喜，五月底制定进攻明朝计划。
不久，明朝经过廷议，决定派军支援朝鲜，同时遣使日本，要求退兵。七月，明朝游击将军史儒等人率兵千余（一说史儒率兵两千，辽东副总兵祖承训率兵三千）抵达平壤，因为不熟地利，又遭大雨，加之长途奔袭，结果在被朝鲜强制出兵的情况下陷入重围，几近全军覆没。
随后，明朝中央以兵部右侍郎宋应昌为经略备倭军务，负责援助朝鲜事宜，不再由朝鲜指挥明军。同时，又以应募的嘉兴人沈惟敬为使者，出使日军，要求日本退兵；日军主帅小西行长要求以大同江为界。明朝经过商议予以拒绝。
朝鲜在开战之初的表现实在是不堪入目，沿途弃城投降无数，日军仅仅用了十七天就不战而入汉城（今首尔）。明军入朝之后，还谎报军情，强迫其出战，却既不提供补给，也不提供援助。所以，明军再次入朝支援后，军政大事均由明军主帅决策，不再听取朝鲜命令。
十二月，宋应昌征集近四万明军，分为三军，于二十五日誓师东渡。
一五九三年正月，明军与日军经过接触、诈降后，初六攻打平壤，初八克城。朝鲜各地日军撤往汉城。明军继续追击，二十七日，左军副将李如松率辽东铁骑追至碧蹄馆，遭遇日军伏击，但是明将杨元率中军来援助，结果包围圈被打破，各自退去，此即碧蹄馆之战。
四月起，明朝开始与日本议和。辽东铁骑经过碧蹄馆之战后，开始拒战，作战多由南军完成，但是南军士气因明朝迟迟未兑现封赏进行犒劳而大受打击。明朝急于结束此战，碧蹄馆战败后，沈惟敬的议和主张开始获得重视。同时，日军因为粮草被明军、朝鲜偷袭焚烧，加之有平壤战败，因此也有心议和。双方经过接触，日军按约定于四月十八日放弃汉城，撤往海边。朝鲜国王返回汉城。明朝由此转而倾向于与日本议和。
六月，沈惟敬与日本使者小西飞（内藤如安）前来议和，要求封贡并割让朝鲜南部四道给日本。七月，日军又送回朝鲜王子等人，并从釜山转移至西生浦。宋应昌因而奏请留兵戍卫全罗、庆尚。明朝廷议决定留下刘綎率川兵五千，吴惟忠、骆尚志率南兵二千六百。但是兵部尚书石星一意主张议和，反对留军，宋应昌担心久劳无功而敦促沈惟敬议和，又急于营造议和有利气氛而只留下刘綎所部。
随后，沈惟敬前往日本，会见丰臣秀吉。日方提出迎娶大明公主为日本天皇皇后、双方开展勘合贸易、两国武官盟好、割让朝鲜四道给日本、朝鲜送王子为质、日本交换朝鲜王子官吏、朝鲜大臣宣誓不叛日本等议和条件。沈惟敬自作主张，答应七项条件，但是向同行的人谎称日本请求封贡，同意称臣撤军；小西行长也向丰成秀吉说明只需要遣使去北京面见明神宗获批即可。
十月，因蓟辽总督顾养谦上疏支持日本封贡一事，明神宗明九卿、科道会议封贡一事。结果反对意见颇多，只有兵部尚书石星坚决主张封贡。
一五九四年三月，宋应昌因病，加之主张留兵协防朝鲜，与石星不合，召回北京，旋即还乡。
八月，蓟辽总督顾养谦再次奏请日本进贡，并建议日本由宁波入贡，日本关白封为日本王。九月，朝鲜国王也上疏奏请明朝许贡保国。明神宗因而重责群臣阻挠封贡，诏小西飞入朝。十二月，小西飞入京之后，石星予以厚礼，但是要求日军迅速撤离朝鲜，只许册封不许通贡，不得再侵犯朝鲜。小西飞同意。
随后，明朝议定册封一事，遣使出使日本，册封关白为日本王，给金印。丰臣秀吉受到册书后暴怒，表示自己已经据有日本、无须明朝封王，但是依旧身着明朝礼服款待明朝使团，旋即将小西行长治罪。
朝鲜战争前后历时七年，但中间其实有一个很长的休战期（一五九三年四月至一五九七年五月）。在此期间，明日朝三国虽然大军对峙，但是没有大的军事行动。
休战期间，明日议和过程实在是令人瞠目结舌。沈惟敬究竟是出于什么目的私自同意日本所有条件如今已经不得而知，但是从小西行长、石星等人极力配合或者促成明日议和来看，笔者估计是因为明神宗和丰臣秀吉都有心停战所致，所以手下大臣试图促成议和，同时暗中修改条款，使得君主虽然不满意但是也不会深究，最终两国罢兵休战，皆大欢喜。但是，明日两国的要求相距甚远，明朝不愿让步，日方自视过高，议和必然失败。
明朝内部对派军支援朝鲜一直存在争议。原因也很简单，毕竟朝鲜名为藩属，实际独立。在很多人看来，明朝完全没有必要花销巨额军费和资源用于协助朝鲜击退日本；况且，此时明朝除了朝鲜以外，西南地区也不安稳，从明缅边境到苗疆腹地，都有规模不等的战争，相较而言，这些地方的战争对明朝的威胁更大；此外，明朝高层此时正因为明神宗称病不朝、大臣争国本而闹得不可开交，朝鲜战争的重要性实在太低。
一五九五年十月，蓟州兵变，南兵一千三百余人被杀。为鼓励诸军参战朝鲜，明朝许诺按募兵出国作战标准（募兵每人每年十八两，出国作战加倍，外加各项补贴，折合每人每年四十三两），向诸军发放军饷。但在实际执行中欠饷严重，特别是平壤大捷后，酬功赏银迟迟未发，导致诸军不思进取。
同时，碧蹄馆之战后，李如松部不愿再战，宋应昌和朝鲜只能多依靠蓟镇副总兵吴惟忠所率防海南兵（又称防海兵、浙兵，实由戚家军演变而来），结果后者立功更大。明日议和后，诸军换防撤换，其中南兵返回蓟州。因为离家日久，拖欠粮饷，返回的蓟三协南营兵要求兑现双饷，因而出现躁动；总兵王保先派军袭杀，又引诱其缴械进入练武场，按名册杀人，称其谋反。所部南兵三千七百人只剩不足两千人，约一千三百人被杀。随后，言官或弹劾或支持王保，后者在兵部的支持下占据上风。最终，明朝兵部下令，处置南兵骚乱首领，余部押解原籍；王保等人以平叛有功受赏。
蓟州兵变是明代诸多兵变中并不算起眼的一场，但也是非常重要的一场。之所以不起眼，是因为此次兵变涉及兵力不过蓟州部分南兵，合计三千七百人，经过骚乱、击杀、平乱，还剩下半数近两千人押解原籍，而且明朝中央并未因此大动干戈，对王保的弹劾转瞬即逝。
但是，通过此次兵变，可以看出很多事情。比方说，非常明显的，明朝军政正在遭受严重破坏。虽然嘉靖隆庆之交，明朝先后解决了南倭北虏问题，边防形势一片大好，但是到了万历亲政以后，就出现了很大问题。首先，明朝各军之间的矛盾日趋激化。明朝军队序列主要包括京营、边军、募兵，京营地位最高但是战力最差，边军待遇最高但是边防任务最重，募兵待遇最好但是规模最小，所以各军之间矛盾重重。张居正去世后，戚继光迅速下野，蓟州作为南兵重镇，很有可能成为最先爆发冲突的地方。
援朝一战中，边军拒战自保，南军接连立功，却迟迟不赏，引发骚乱，情有可原，是朝廷失信在前。但出身边军的王保的处理方式却让人大跌眼镜，居然试图将所有南军就地正法，使得南军遭受了自建军以来最大也是仅次于萨尔浒之战全军覆没的损失，而且极大地损害了明朝在南方百姓中的威信，使得南方募兵愈加困难。其次，明朝各军之间的冲突，已经被党争所利用。王保是榆林卫人，属于根正苗红的边军，兵部尚书石星也属于反对张居正而东山再起的官员，支持这两人的巡关御史马文卿是北方人；与之对应，先前依赖南兵的宋应昌是浙江人，弹劾王保的给事中戴士衡、御史汪以时都是南方人。双方的攻讦完全是以地域分歧而展开，与事情本身的是非曲直无关。而且之所以王保得以免罪并得以晋升，原因在于吏部尚书、陕西人孙丕扬正忙于与浙党进行党争，自然袒护同省老乡。
在这种情况之下，明朝军力，特别是蓟门的战力迅速下降。在俺答所在的土默特部与明朝议和成功后，蒙古的军事压力主要来自察哈尔部，所以明朝对蓟辽的关注程度逐渐超过三边，历代以来精兵强将不断，以求京城门户安全。到了张居正戚继光时期，蓟门更是力压杀得东北地区哀鸿遍野的辽东军，号称诸镇之首。结果张戚去后，南军备受打压，蓟门的军力也是一落千丈，面对各地四起的流民，明朝中央只能征调更远的辽东军入关作战，加大了财政和军事负担的同时，也加速了辽东军做大。
一五九六年年初，朝鲜驻日使节李宗城因贪淫日本贵族妻子而被逐出日本。九月，明朝再遣沈惟敬等人前往日本，加封丰臣秀吉。结果丰臣秀吉斥责礼物太薄而且朝鲜没有派王子同来，表示不会撤军，留给明朝自决。
一五九七年正月，兵部尚书石星自请前往朝鲜宣谕两国罢兵，被拒。二月，沈惟敬在议和中伪造国书事发，石星和沈惟敬下狱。随后，以兵部侍郎邢玠为刑部尚书总督蓟辽，以麻贵为备倭大将军，经理朝鲜，佥都御史杨镐驻扎天津、进行警戒。因为明军尚未集结完毕，麻贵命令杨元屯南原、吴惟忠屯忠州。
六月，日军大军先后渡海，侵占朝鲜沿海。七月，日朝爆发漆川梁海战，朝鲜水军几乎全军覆没。八月，日军将领加藤清正乘势进攻南原。杨元所部只有三千骑兵和三千朝鲜兵，全州朝鲜将领陈愚衷不敢支援，结果日军四日便攻破南原，乘势占领全州，直逼汉城。
九月，明朝取得稷山大捷。麻贵本打算放弃汉城，退守鸭绿江，经过商议被劝阻，因而驻守稷山，设下埋伏，结果大败日军，遏制住了日军攻势。随后明军组织反击，日军逐步退守尚庆道一线。此外，朝鲜起复李舜臣，取得鸣梁海战胜利，日军水师遭到重创，海上补给线受到影响。
十一月，明军完成集结，杨镐、麻贵率主力，直指加藤清正。
十二月底，明朝联军第一次进攻蔚山。游击将军茅国器率领浙兵先行作战，接连取胜，随后裨将陈寅身先士卒，攻破三重营寨中的两重。但是第三重营寨将破时，杨镐因不愿在李如梅之前抢得首功，下令茅国器撤军。结果李如梅抵达后，明军士气已泄，无力克城，只得改为围攻。
一五九八年正月初，明军攻城时，日军援军抵达。杨镐不及下令，策马西奔，诸军因无统帅而溃败，幸好有副将吴惟忠、游击将军茅国器断后，赶走日军，但是损失无数。经过清点，明军损失两万，杨镐大怒，将需报军情改为只损失百余人。赞画主事丁应泰与杨镐商议善后，杨镐出示内阁张位、沈一贯手书，洋洋自得，致丁应泰大怒而揭发实情，弹劾杨镐篡改军情，指出张位、沈一贯交结边臣，欺君罔上。
六月，奏疏抵达京师，明神宗大怒，但是首辅赵志皋力救，杨镐只被罢官而已，改由天津巡抚万世德经理辽左；但次辅张位还因卷入妖书案，被削籍为民。
九月，明军分三路进攻日军。蔚山战后，邢玠鉴于水军乏力，又征调江南水兵，都督陈璘率两广兵、刘铤率川兵、邓子龙率浙直兵前来增援。随后，邢玠分军三路，分别进攻日军三个主要驻点，即东部加藤清正的蔚山，中部岛津义弘的泗洲，西部小西行长的粟林、曳桥。但因此时李如松战死辽东，李如梅被召回统领辽东，明朝改由董一元统领中路，进攻岛津义弘。东路由麻贵进攻加藤清正，西路由刘綎进攻小西行长，陈璘率水军在海上策应。结果刘綎、麻贵先后遇到伏击，被迫撤退。董一元则一路进逼至日军泗洲老营，十月时大举进攻，结果城破之际，明军后方火药库爆炸，骑兵游击郝三聘、马呈文当即撤走，引发明军溃败。随后，兵部处斩郝三聘、马呈文。
十一月，露梁海战爆发。日军因两月前丰成秀吉去世而有意撤军。加藤清正先从水路撤走，随后，岛津义弘率水军救援小西行长，陈璘率水师截击，予以重创，但副将邓子龙、朝鲜将领李舜臣战死。朝鲜战争就此结束。
一五九九年七月，明朝论功，兵部尚书邢玠晋太子太保，陈璘、刘綎加都督同知，麻贵为右都督，董一元复职。杨镐以原官叙用。杨元弃师、沈惟敬通倭而被弃市。
虽然近代经常会将两次援朝之战一并提起，但是总的来说，即便是到今天，学术界也很少对万历援朝战争有太多兴趣。虽然朝鲜险些亡国，日本几乎经济崩溃，但是此战对明朝而言，无论是规模还是影响都非常有限，而且还独立于明蒙战争、明清战争，实在不值得一提。
一五八九年，四川播州宣慰司使杨应龙发动叛乱，一五九二年十二月其在重庆受审。杨氏自初唐以来，世代统治播州。杨应龙于一五七一年接任宣慰使，残酷嗜杀，多有逾矩违禁，结果被人揭发，随之谋反。贵州巡抚主张进剿，四川巡抚主张招抚，明朝中央命两省会勘，杨应龙表示愿意前往四川而非贵州。一五九二年十二月，杨应龙在重庆被捕，论罪当斩，但杨应龙愿用两万两白银赎罪，又趁朝鲜战争爆发，表示愿意率五千精兵前往支援，明朝中央因而准予释放。但是，杨应龙实际上并未出兵，继任四川巡抚的王继光严提勘结，杨应龙仍然抗命不出，于是，王继光不待中央批复，决定进攻。
一五九三年正月，王继光从重庆出兵，抵达娄山关等地，结果被杨应龙诈降伏击，大败而归。随后，谭希思继任四川巡抚，等待进剿时机。但是杨应龙向明朝遣使自辩，并四处行贿。因此，两省久议不决。
一五九五年正月，四川总督邢玠抵达四川，要求杨应龙前往军前谢罪，否则进剿。五月，杨应龙在松坎跪拜明朝使者，交出十二名叛乱酋长抵命，又缴纳四万两白银，故而只被革职，改由其子代任其职，次子在重庆为人质。但是旋即，杨应龙次子在重庆死亡，双方再次交恶，杨应龙继续纵兵作乱。
一五九八年十一月，趁西南各地被抽调兵力援助朝鲜，杨应龙攻打湖广四十八屯，阻塞驿站，激起明朝中央愤怒。
一五九九年二月，贵州巡抚江东之派军三千进剿杨应龙，结果被杨应龙佯败伏击。江东之因而被罢。
五月，明朝起复前都御史李化龙节制川、湖、贵三省兵事，征调朝鲜各路大军南征，其中，刘綎先率川军出发，麻贵、陈璘、董一元相继支援。六月，杨应龙乘明军尚未集结，大肆进犯綦江，攻克綦江城并屠城。
一六〇〇年正月，明军完成集结，各地土司也派军协助。总督李化龙分兵八路，进剿播州。二月，各军出发，每路约三万人。三月，杨应龙派主力迎击刘綎，结果被刘綎击破，明军长驱直入，攻入娄山关。五月，明军接连取胜，抵达杨应龙核心区域海龙囤，开始修建围墙进行围困。六月，海龙囤被攻破，杨应龙阖室自缢自焚。十二月，明军献俘，明朝将播州一分为二，遵义划归四川，平越划归贵州。
西南地区的土司一个接一个地叛乱也是颇令人头疼的事情。总的来说，只要明朝腾出手来，集中兵力，而且不太顾及滥杀、剿抚并重等非常次要的事情的话，平叛也就是一两年的事情而已。
透过三大征，不难看出很多有趣的东西。首先，明军之所以能够在三大征中取胜，归根结底是因为明朝的国力比对手强出太多。规模最大的援朝战争，也未见明朝投入全力，结果日本就已经濒临经济崩溃；无论是明军主帅还是各军主将，在战争中体现出的军事素养都非常一般，给人循规蹈矩但求积小胜为大胜的感觉，在谋划交战过程中也尽可能避免大战、难战，可能只有平壤和碧蹄馆两战比较艰辛，结果还导致辽东军拒绝再战。其次，京营已经彻底退出明军的作战序列。
如果说宁夏时间太短，播州太远，京营无法出战，那缺席前后七年之久、兵部天下调兵的朝鲜战争，足可见明朝君臣非常清楚京营已经不堪大用，听任其尸位素餐，只要不闹事就好。最后，明军已经形成了辽东铁骑、大同兵、防海南兵、川军等地域特色和将兵依附关系密切的派系。李如松对应的是辽东铁骑，麻贵对应的是大同兵，吴惟忠对应的是防海南兵，刘綎对应的是川军；以上四支部队就是明军精锐，除此以外还有少量土司兵。但土司兵方面，除了自家主将以外，所部根本不听他人调令，一旦各军主将拒战，明军主帅便会无计可施。
后世谈及三大征的时候，往往聚焦于两点。首先，三大征维护了明朝在东亚的霸主地位。虽然宁夏、播州都属于中国，只有朝鲜才是实际独立的明朝属国，但是因为宁夏涉及蒙古、播州属于苗疆、朝鲜更是外族，都带有民族和华夷因素，所以后世强调三大征有利于中国（明朝）维持对东亚的霸主地位。其次，三大征加剧了明朝的财政困难。关于三大征的花费，不同史料记载有一定出入，但是总额一般都在一千万两以上，例如，《明史》有两种说法，一种认为是一千二三百万两，即宁夏二百余万两、朝鲜七百余万两、播州二三百万两，另一种认为是一千一百六十万两以上，即播州一百八十余万两、朝鲜七百八十余万两、播州二百余万两。毫无疑问，无论是哪一种可能，对于一向资金紧张的明朝而言，都是一笔天价开支。
笔者个人比较感兴趣的其实是另外一点，即明朝军力的全面萎缩。虽然三大征以三战全胜收尾，但是非常有趣的是，在紧接着的三次类似大战中，明朝以全败收尾，即明缅战争放弃麓川、萨尔浒之战被后金全歼、奢安之乱任其自立。如果再仔细审视三大征的话，不难发现，三大征之所以明朝能够取得胜利，是因为明朝充分利用了双方极为悬殊的国力而不是军力，用持久战的方式，将叛军、土司和日寇的士气、后勤、兵源等耗光，从而取得胜利；相比之下，野战或者攻城战中的胜利或者受挫简直不值一提。所以随着中央政府执政能力的断崖式下降，明朝很难再以此种作战方式取得胜利，再加上缺少适合的军事统帅和决策者，明朝中央主导或应对的战争，自然屡战屡败。所以在三大征之后，明朝的屡战屡败才是正常现象，三大征取胜本身就是特例。
