张居正是彪炳史册的大政治家、改革家，作为明神宗朝的内阁首辅、帝师，他对明后期的政治局势影响巨大。但是就是这么一个生前权势熏天的人物，其卒后却受到了清算。分析清算张居正运动的原因，归纳起来有以下四点：
一是万历皇帝对张居正生前的严加管束和冒犯深感不满和厌弃。张居正任首辅期间，同时担任年纪尚小的万历皇帝的老师。据史书记载，张居正在教授万历皇帝时，常严厉训斥小皇帝。以致于万历从小就就怕张居正。最重要的是，张居正的存在，阻碍了万历的亲政，使他无法乾纲独断，树立自己的权威。
二是继任阁臣对张居正及其势力的不满。自首辅制形成后，首辅为了避免地位与权力的旁落，往往对其他阁臣进行严格控制。张居正也不例外。在其任首辅期间，动辄严厉打压其他阁臣，如吕调阳、张四维等。这自然引起张四维等人的忌恨。至张居正卒后，张四维在万历皇帝的支持下接任首辅之位，为巩固其首辅之位，张四维必然要清除张居正的旧势力。
三是部分官员因不满张居正所推行的改革而反对张居正。例如张居正推出的“考成法”规定了政府各部门间层层监督，对具体事务进行注销、查考，事专责成，使官员不得不勤于政事。这本利于改变当时政务拖沓推诿、政令难以真正实行的弊病，但却为那些习惯于因循姑息、苟安于位的官员所深感不满。又如张居正对驿传制度的改革，严格规定了非公事不许使用驿传，官员的升迁、改调等亦不许使用，堵住了很多官员享受特权的方便之门。这些都引发了被触动利益的官员群体的反对。
四是张居正任首辅时期，对反对官员的不当处理，引发了很多官员对张居正及其势力的不满。张居正在位时，在处理反对官员上，有存在过火行为。贬谪、廷杖、下狱，甚至迫害致死的都有。这势必激起反对官员们的集体反对。
