明朝在历史上，可以说是非常奇特的一个朝代了。在限制军权的同时，明朝中期还出现了一种奇妙的制度，叫做两府制。所谓的两府制是什么呢？就是在朱棣将都城搬到北京之后，在北京设置了新的行政制度。而在南京旧都那边，原本的行政机构和制度都没有撤销掉，反而是原汁原味地保留了下来。那么为什么在朱棣时期，会发生这种特殊的情况呢？
首先我们要考虑的，是为什么朱棣在登基之后，还要选择搬到北京去呢？这主要是出于政治和军事上的考量。明朝在朱棣时期，虽然说是相当强盛的，但是此时的北方，依然存在着不少游牧民，专门侵扰边境，影响明朝的经济。
在古代的交通条件之下，要是还是定都在南京，那北方边境传来的情报早就过时了。然而要给边境的将军们放权的话，朱棣更加不放心。毕竟朱棣是怎么样登上皇位的，在《明史》中都记载得清清楚楚了，他又怎么会让人走上自己的老路呢？
再加上朱棣原先起兵，就是在北京的。北京对于他来说，算是一个熟悉的地方，也算是一个有福气的地方。况且在战略意义上，北京能够威慑西北方，南下又可以回到中原之地休养生息，可以说是非常重要的地理位置了。
但是因为北京靠近北方的同时，也意味着这些重要官员们，也受到了蒙古的威胁。所以在朱棣看来，北京虽然是都城，但是并不是一定要守住的地方。如果战事不利的话，那么他们可以随时回到南京，继续统治中原。那么南京原先的六部行政制度，自然是不可撤销的。然而随着明朝的稳定，蒙古不再具有威胁，自然朱棣也愿意安然定居在北京。
那么为什么到了局势和平的时候，明朝还不愿意将南京的行政部门撤销掉呢？这个时候已经没有军事上的考量了。这是因为在明朝时期，南方还算是一个正在蓬勃发展的好地方。随着经济重心的南移，南方为明朝贡献了将近四分之三的经济收入，使得明朝在短时间内，就走向了富强。而南京作为陪都，自然在管理上，有着非常重的意义。
并且随着战事平定，北方逐渐平稳了。朱棣也有不少精力，能够放在了内政管理上。而最主要的事，就是培育新进的人才，让老臣们安然地退休。但是这个时候，总不能让这些人还留在北京吧？所以在局势平稳之后，南京的六部制度，就成为了这些老官员最好的去处。让他们能够得到尊重的同时，又不至于让他们在朱棣的朝廷中碍手碍脚。而且在让这些官员前往南京养老的同时，也能让他们帮忙看管南方的动静。
毕竟江南已经成为了经济和文化的中心，即使想要重新发展北方的北京，也不能将南方丢掉。所以南京六部能够保留下来，就是为了在地理位置上，负责全国范围内的船运和粮食运输。在战略意义上，就是为了避免天高皇帝远，江南的官员借着地理上交通不便，在背地里给朱棣和后世统治者使绊子。可见在江南一带，南京六部制度的存在，的确还是有着自己的优势的。
只不过可惜的是，虽然说朱棣为了种种考虑，没有将南京的六部机构取消。但是他却没能预料到，这个制度会在数百年后毁了明朝。最主要的问题还是出在六部的制度，还有南京北京两地之间的距离上。六部虽然分工明确，各司其职，但是此时在南京的，都是些已经失势的官员和养老的人，他们在能力上自然也是参差不齐。这就导致了随着时间的变化，这些人逐渐无法负担起南京的任务，让明朝的发展开始被打乱了。
上文也说道过，南京的六个部门专门负责江南一带的管理，这个管理自然也包括了经济和交通。然而江南一带，就有了明朝整年的四分之三的收入。在河运运力不足的情况之下，运力只能够勉强维持国家必需和士兵们的需要，一般的官员们只能够靠自己，从北京走到南京去领取俸禄。要不然，就只能让人送来给自己了。
结果两地之间路途漫漫，费时费力的同时还费力，最后钱没拿到多少，反而还落了个竹篮打水一场空的下场。这个制度造成了明朝官员的贫穷，而为了保持自己的生计，不少官员也只好在背地里贪污受贿，反而造成了明朝的腐败和没落。
参考资料：《明史》。
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