尧舜对三苗的连续征伐，逼迫三苗退回江汉平原，华夏集团一度控制了南阳地区，但三苗并未就此罢手，而是多次北上侵袭骚扰，并再次占领了南阳乃至以北的部分地区。所以禹上位后，对三苗又进行了一次大规模的征讨，这是双方战争的第三阶段，也是决定双方最终走向的一场战役。
对于这次战争的起因，《竹书纪年》说：“有苗负固不服。”意即三苗依恃险阻而不臣服。
《尚书·益稷》说：“苗顽弗即工。”
《尚书·大禹谟》记载了大禹出师讨伐三苗的誓言：
济济有众，咸听朕命。蠢兹有苗，昏迷不恭，侮慢自贤，反道败德，君子在野，小人在位，民弃不保，天降之咎，肆予以尔众士，奉辞伐罪。尔尚一乃心力，其克有勋。
大禹在这里列举了三苗的三条“罪状”，作为对其征伐的理由：一是昏迷不敬，侮慢常法，妄自尊大；二是违反正道，败坏常德；三是贤人在野，小人在位。人民抛弃他们不予保护，上天也降罪于他们。所以“我率领你们众位将士，奉行上帝的命令，讨伐苗民之罪。你们同心同力，就能建功立业”。
这次战役进行得相当残酷激烈。对于战役的经过，《墨子·非攻下》有如下记载：
昔者三苗大乱，天命殛之，日妖宵出，雨血三朝，龙生于庙，犬哭于市，夏有冰，地圻及泉，五谷变化，民乃大振。高阳乃命玄宫，禹亲把天之瑞令以征有苗。四电诱祗。有神人面鸟身，若瑾以待，搤矢有苗之祥，苗师大乱，后乃遂几。
大意是说，从前三苗大乱，太阳变妖在晚上出来，还连下了三天血雨，五谷错位不能按时成熟，百姓仓惶不知所措。大禹亲自征讨有苗。苗军一败涂地，后来三苗国就逐渐衰败下去。
古本《竹书纪年》所载略为简单，但大同小异。同出于战国时期的《随巢子》、西汉竹简《六韬》和东汉王充所著《论衡》也有类似记载。
天灾降临，百姓惊恐。战前已充满了恐怖的气氛。摒弃古人站在“上答天谴，下恤民瘼”这种叙述者的角度，我们不难理解这其中既有为大禹出征所谓正义辩护的思想，也有叙述者把自然灾害当作“天谴”而夸大的成分在内。
这其中反映的很可能是战争开始时发生了一场天崩地裂的大地震。天灾人祸导致战事异常惨烈，杀戮歼殛，血流满地，尸横遍野，几无人烟。蛇因此出没于旷野，狗因此狂吠于市郊。
战争的结果是以禹为领袖的华夏集团取得了彻底的胜利，三苗国被灭，三苗族四分五裂，社会生产力遭到重大摧残：
“昔者，三苗之居，左彭蠡之波，右洞庭之水，文山在其南，衡山在其北。恃此险也，为政不善而禹放逐之。”（《战国策·魏策一》）
“昔者三苗大乱，天命殛之……禹既已克有三苗，焉磨为山川，别物上下，卿制大极，而神民不违，天下乃静，则此禹所以征有苗也。”（《墨子·非攻下》）
禹伐三苗在考古学上也找到了相应的证据。石家河文化早中期绝对年代是公元前 2500 ～前 2200 年，石家河文化晚期绝对年代是公元前 2200 ～前 2000 年，与黄河中游地区的河南龙山文化和文献记载的尧、舜、禹南伐三苗的时代大体同时。
在石家河文化晚期，石家河城垣被夷为平地，古城遭遇废弃。石家河文化逐渐衰落。龙山文化尤其是河南龙山文化的因素，在南阳盆地、江汉平原普遍出现。
更重要的是在汪家屋场遗址中发掘出了重要的礼器 —牙璋。牙璋被认为是玄圭。夏王朝诞生有两个标志性事件，一是禹铸九鼎，一是禹赐玄圭。
《尚书·禹贡》云：“禹锡玄圭，告厥成功。”帝赐玄圭于禹，用以向普天之下宣告禹的大功告成。玄圭因而成为夏朝的标志性礼器之一。
另外，根据《周礼·考工记·玉人》的说法：“牙璋……以起军旅，以治兵守。”牙璋实际就是将帅统兵的印信。汪家屋场遗址是石家河文化晚期最南端的一个小聚落，位于今荆州市。其南部大片湖沼在史前属长江枝杈漫流地带，再往南应该就是湖南澧阳平原河南龙山文化孙家岗类型的控制区。
汪家屋场遗址正好像楔子一样楔在从澧阳平原北上直达石家河古城的进军道路上，其战略重要性由此可见一斑。因此，牙璋作为“以治兵守”的可能性是存在的。
汪家屋场遗址出土 的牙璋
在石家河文化晚期遗址中，河南龙山文化尤其是煤山类型的性质表现明显，不论是在陶器组合、器型，还是在花纹方面，均有体现，以至于考古人一时都难以分清这种文化到底属于哪种类型，有称为后石家河文化的，有称为三房湾文化的，也有称为河南龙山文化石板巷子类型的，如此等等。
这种你中有我、我中有你的文化现象，或许正是禹“克有三苗，焉磨为山川，别物上下，卿制大极，而神民不违，天下乃静”，各种文化融洽相处、和而不同的表现。
石家河文化晚期和石家河文化早中期社会面貌相比，还有一个显著不同是，聚落遗址数量的急剧减少。
区域调查表明，大洪山南麓聚落遗址在石家河文化早中期时有 63 处，而到了石家河文化晚期，锐减到了 14 处。这些遗址集中分布在原石家河城址东南一带。与此相伴随的是，各聚落遗址的面积急剧减小，最大面积的遗址仅 4 万平方米，最小的只有 1. 5 万平方米。
这个地区的聚落数量和面积，几乎是在一夜之间跌回到了公元前 3900 ～ 前3100 年的油子岭文化时期。
三苗古国衰落不单是由于战争造成的，还和洪水泛滥有一定关系。
考古人员选取江汉平原钟桥遗址疑似古洪水层沉积物研究发现，该遗址具有屈家岭文化晚期和石家河文化中、晚期的古洪水沉积物。同时还调查发现，位于长江上游的中坝遗址和玉溪遗址古洪水沉积物也有相似特征，这表明长江中游流域在以上三个时期发生过比较大的洪涝灾害。
石家河晚期出土的玉人头像
禹伐三苗的战争最终以黄河中游流域华夏集团的胜利而告终，石家河文化虽然退出南阳地区，但仍有部分留在江汉平原，逐渐和中原文化融合在一起，成为华夏文明的一个组成部分。
禹伐三苗的胜利，不但彻底摧毁了南方苗蛮集团的庞大势力，解除了来自南方的威胁，还打开了中原文化南下发展的通道，这对于后来中原王朝迅速发展起了推波助澜的作用。
这场战争体现了原始战争性质，即由血亲复仇的动机演变为以夺取适宜生存和发展的战略要地为目的，战败者宗庙被夷平，用来祭祀祖先神灵的酒器被焚烧，子孙沦为奴隶，这进一步激化了各种社会矛盾，最终摧毁了旧的氏族和古国联盟制度，推动了夏王朝的强势崛起。
——摘编自李琳之：《元中国时代：公元前2300～前1800年华夏大地场景》，个别地方有改动。因阅读流畅需要，删去了注释部分。
李琳之著，商务印书馆，2020年9月版
本书是一部用考古学资料揭示先夏及夏代早中期历史发展脉络的史学著作，
曾入选“2020 百道原创好书榜年榜·人文类 ”，同时在 2020 年 “商务印书馆人文社科好书读者投票评选”活动中获得第二名，在“历史的回响”类别中高居榜首。
全书主体共分16章80节，近50万言。不同于以往学人关于夏代区域性、碎片性的论述，作者置这段历史于同时期以西亚、中亚为世界文明核心舞台发展的背景下，以其高瞻远瞩的全局性目光、严谨缜密的思维逻辑和通俗明快的语言，用国际国内近几十年所取得考古学成果，第一次系统、完整而清晰地为我们勾勒出了从公元前2300年至公元前1800年这500年夏人兴起、迁徙、建城、建国、定都、扩张等一系列发展行为的脉络足迹。
作者简介
李琳之，历史学者，出版有《中华祖脉》《家国往事》《祖先，祖先》《元中国时代》《前中国时代》等十余部著作。其中，由商务印书馆出版的《前中国时代：公元前4000~前2300年华夏大地场景》《元中国时代：公元前2300~前1800年华夏大地场景》和由研究出版社出版的《晚夏殷商八百年：大历史视野下的早中国时代》三部著作，构成了其从公元前4000至前1046年一个完整的上古史体系，是国内外第一套用考古学结合文献学揭示出黄帝至商亡这三千年历史发展脉络的系列图书。
《晚夏殷商八百年》自2022年6月由研究出版社出版后,先后入选了长安街读书会2022年6月第5期好书、百道网2022年7月好书、中国出版集团2022年7月好书，以及中国社会科学网“社科好书”、今日头条好书等推荐榜单。
