在这之前，无论是实行群相制还是独相制，丞相的地位在官员中都是最高的。独相制下，唯一的丞相自然是百官之首，无可争议。群相制下，也必然有一个居于首位，成为百官之首。丞相没有了，六部直辖于皇帝，这六个平行的机构成了全国最重要的机关。
但慢慢的，明朝的政治系统中又演化出来“内阁”这个特殊的机构。内阁中的辅臣也逐渐成为地位在六部官员之上的高级官吏，而为首的首辅大臣成了实际上的宰相。虽然如此，但内阁的地位始终是皇帝的参谋机构，并不是法定的国家机构。所以，在名义上首辅也就不是百官之首。
那明朝的百官之首应该是哪个职位呢？其实，名义上的百官之首应该是吏部尚书。丞相废除后，六部是最高的国家法定机构，而吏部居于六部之首，它的主官吏部尚书，也就成为了百官之首。
