古代毕竟是男权社会，崇祯放走太子和两位藩王，是因为皇子是男性。皇子在乱世中可以领兵打仗，要么战死沙场，要么遁入尘世。就算是被俘虏了，新朝廷多半也是赐死，或者永远圈禁，不会虐待前朝的皇子。因为虐待皇子是会被后世记录在册，被后世之人所嘲笑。
虽然相对于张献忠来说，李自成以“不嗜杀”著称，但对于朱明宗室来说，李自成大军抵达之时，就是身家性命完蛋之日。比如崇祯十六年，即1643年，李自成攻克太原后，下令“捕晋宗室四百余人，送西安，悉杀之”。不久之后，由于“恐（中低层）宗人为变，闭门搜捕，得千余人，杀之海子堰，若歼羊豕”。
李自成军攻克大同后，又在短短6天之内，诛杀代王朱传齐以下的4000多名诸王宗室。投降李自成的山西太原总兵姜瓖在启本中说：“云（今山西大同）之宗姓，约计肆千余，闯贼盘踞六日，屠戮将尽……”
崇祯十七年三月十七日，李自成的军队围住了北京城。十八日的晚上崇祯帝带着贴身太监王承恩一起登上煤山，望着城外连天烽火，长长的叹息着。他觉察到大明气数已尽，决定履行天子守国门，君臣死社稷的祖宗旨意，以身殉国。于是崇祯回到宫中后写下诏书，命成国公朱纯臣统领诸军和辅助太子朱慈良。又命令周皇后，袁贵妃和三个皇子入宫，并且简单地嘱咐皇子们几句话，便让太监带着他们分别送往外戚家去躲避。
接着崇祯帝下了他的人生中最后一道圣旨，命后宫中的皇后，妃子全部自尽。对她们说：“皇宫很快就要被闯贼攻破了，宫中嫔妃公主一定不能落入闯贼手上。你们要小心谨慎的守住自己的贞洁，以保全列主列宗的颜面”周后痛哭着悬梁自尽，她全身穿戴整齐，袖口，领口，裤脚等有开口的地方都用针线把它们缝住。她想以这种方式保住自尽死后的贞洁。
崇祯皇帝见袁贵妃悬梁的白绫断了，便上前举起剑将她砍死。宫中那些不愿意自杀的妃子，也都被侍卫们一个个杀死。之后崇祯皇帝来到寿宁宫，长平公主留着泪无助地拉着父皇的衣襟，哭个不停，崇祯皇帝痛心疾首地说“汝何故生我家”。说完便举起剑，朝长平公主砍过去。崇祯在自缢前的最后一刻用剑杀死自己的妻女。
如果说他杀妻女是保全不让落入到李自成手中。其次还有他对周皇后及丈人周延儒的怨恨。他丈人周延儒为做寿捞财富先谎报清军入关，狼来了需筹军资，后又借代君亲征，吃喝玩乐一月回来谎报胜利凯旋而邀功领赏。延误战机。再后来狼真正来了，清军攻城之急，祟祯无银发军饷，士兵无力抵抗，而腰缠万贯的丈人就是不肯借钱给皇帝。至使祟祯最后的绝望和怨恨。
