司马曜继位时只有11岁，是东晋第9位皇帝为晋孝武帝。到这一代终于结束了东晋皇帝短命的宿命。
司马曜登基初期，由权臣桓温辅政，但他年纪已经很大了，没多久就死了。司马曜终于脱离了随时被废的危险境地。
皇帝年纪小，为了防止桓氏一族继续专权，谢安建议由太后褚蒜子临朝听政，王坦之和谢安辅政。后来王坦之病死，朝廷大权渐渐到了谢安手里。但桓温弟弟桓冲为首桓家的势力依旧盘踞在荆州地区，谢安主政的最大隐患就是没兵权，于是推荐侄子谢玄镇守广陵，招募流民组建了北府军。
司马曜登基以来，北方的胡人政权就一直威胁着东晋政权。前秦的苻坚消灭了多个胡人政权，完成了北方的统一。
苻坚举全国之力带水陆大军90万南下，打算一举灭掉东晋，结果在肥水之战被谢玄以少胜多打败。
苻坚战败后，刚征服的胡人政权纷纷作乱，苻坚忙着平定叛乱，无暇顾及东晋。东晋趁着北方大乱，收复巴蜀，山东，河南等大量失地。
肥水之战也给了司马曜机会，隐忍已久的司马曜开始夺权。之前桓家和谢家对立，皇帝在中间搞平衡，维持权威。肥水之战后，桓冲病死，桓家一时无人，司马曜任用弟弟司马道子分谢安的权力。谢安是当时名士，也不愿背个贪恋权势的名声，就主动让权。谢安一退，谢玄的位置也没保住。司马曜借助任用皇室从世家大族手里收回了权利。
晋孝武帝司马曜虽然收回了权利，真正实现皇权至上，但和弟弟司马道子一样沉迷酒色，宠信僧尼，朝政日益昏暗。而且司马曜和弟弟司马道子还矛盾重重，引起君权相权之争。毕竟皇帝有优势，司马曜占了上风。
但这时候出事了，晋孝武帝司马曜喝高了，对张贵人开玩笑说，你年过30了，美色大不如前，又没孩子，白占个贵人的名额，我明天就废了你，换个年轻的。说完就睡着了。
张贵人越听越气，老娘伺候你这么多年，没功劳也有疲劳，就想把我像块抹布一样扔掉，遂起了杀心。她先灌醉司马曜身边的太监，又召来心腹宫女，趁着司马曜睡着了，把他用被子活活捂死。
司马道子也是终日沉迷酒色，不理政事，实际上是其子司马元显执政，这爷俩正处于下风，一听孝武帝死了，高兴地一蹦三尺，就没追究张贵人。继位的是皇太子司马德宗，为晋安帝。
晋安帝司马德宗，是个智障，智力水平还不如当初的晋惠帝司马衷，连话都说不清楚。根本就没想过要追查父亲的死因。
继位的司马德宗太傻，傻到夏天和冬天都分不清楚。君主弱则臣强，朝廷内司马道子父子主政，地方上的将军们也不服从。
地方的刺史们找个借口就造反，五斗米教的道士孙恩也起义造反，孙恩还开启了一个流派，就是海盗，为后世的海盗们提供了丰富的经验。总之东晋内部乱做一团，肥水一战打下的很多地盘也丢了。
江陵起兵造反的桓玄带兵攻入了建康，杀了司马道子父子，自封丞相，太尉成为实际统治者。接着桓玄篡位称帝，改国号为楚，降晋安帝为平固王。
桓玄就是当初权臣桓温的幼子，最得宠爱，桓温的爵位都传给了他，桓玄经过多年努力，终于实现了老爹当年的愿望，他当上皇帝后，赶紧追封老爹为皇帝，表表孝心。
当初谢玄组建的北府军仍在，由于一直在江北前线驻扎，战力强盛。桓玄称帝后，北府军的将领大多表示服从。但桓玄为消除隐患，瓦解北府军，大力剿杀北府旧将，北府军几乎遭到灭顶之灾。
北府出身的刘裕暗中联络北府兵的残余兵将起兵反叛，一路打进建康城，桓玄带着晋安帝弃城西逃。刘裕继续派兵追击，最终平定了桓氏之乱，迎回晋安帝。兵权在握的刘裕，排除异己，独掌朝政大权。
之后刘裕攻灭南燕，灭掉孙恩的起义军残部，平定地方割据的荆州刘毅，向西征服了川蜀地区的谯蜀政权，又从西南仇池国手中夺回汉中，赶跑司马休，吞并荆扬两州，向北灭掉后秦。
刘裕的一系列巨大的军功，使他在朝廷有着显赫无比的地位。除了总领朝政外，还以十郡县之地建立宋国，加封权臣桓温到死都在要九赐之礼。
到这时，刘裕称帝已经无人可挡了。刘裕派人直接杀了晋安帝，本来想直接称帝的。但预言书上说，晋孝武帝之后还有两帝，于是刘裕为符合预言，就立了晋安帝的弟弟司马德文，为晋恭帝，然后让司马德文禅让给自己。刘裕称帝，建国号为宋，东晋司马家的政权彻底结束。
