南明不能算明朝，其原因有二：
（1）南明存在的39年，是不断逃往、内斗割据没有统一皇帝的残余力量
除了朱由菘的弘光皇帝，因为在南京有较为完整的“配套班子”外，其他皇帝都没有获得统一认可、四分五裂。朱棣北迁后，仍然将南京作为首都之一，所以属于“双京制”。在南京留下一套完整的、除了内阁外的完整班子儿。因此，在南京称帝的朱由菘有一定的法理基础。
但当时的明朝大臣们连皇帝都不再忠诚，更何况一个“福王”。要知道，嘉靖作为藩王称帝都需要许多程序，朱由菘登基后，其他地方的权臣各自为政，对其号令并不遵从。
首都占领、皇帝被杀从一般意义上说就是一个政权被灭亡了。但如果，你能够重新打回首都自然不会被政权被灭亡。可惜的是南明政权没有，连像东晋、南宋这样的“政权”资格都不够，不断地南逃西迁。
南明的永历皇帝，从两广逃往西南再逃到缅甸，其情形类似于赵构不断逃亡。但问题是，人家赵构被人称为“南宋”，那是因为人家有统一的行政管理区域、有完整的经济和法律施行过程，请问，南明各政权有什么？
（3）算不算明朝，那是后人的评价。时人将南明作为明朝是完全正常的
当清军来到南方后，曾经作为朝廷的代表的藩王、各级官吏在老百姓和军人眼中就是朝廷、就是明朝，当然会为了明朝而战。从北到南、从东到西清军所过路线的老百姓，在当时都会为了明朝而战。
因此，“算不算明朝”则是我们后人站在历史的角度去评价。
对于对历史没有偏见的人来说，南明不是明朝，连延续的资格都没有，只能被称作“残明政权”或“明朝抵抗势力”。
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