在黄帝部落与共工部落内部纷争越演越烈之际，外患也逐渐强大起来，而这次外患来源依旧是南方，也就是蚩尤部苗黎部落的残余～三苗部落。
三苗部落经过休养生息之后，逐步强大起来，“三苗复九黎之德，不忘旧者”“左彭蠡之波，右有洞庭之水，汶山在其南，衡山在其北”。占据了今天长江中游北至淮河的广大区域，几乎与华夏部落半分中原，并沿沿着丹水峡谷深入南阳，严重威胁统治中心在黄河中下游区域的黄帝部落。
而当时黄帝部落正与炎帝之后共工部落打的难解难分，眼看外敌已至，黄帝部落和共工部落达成和解，共工部落以流放的名义北迁幽州守护华夏族北方，而黄帝部落一方面努力解决水患，一方面整军备武，南伐三苗。
“有苗氏处南蛮而不服，尧征而克之于丹水之浦”，尧在丹水击败三苗，但三苗依旧顽抗，便与三苗议盟。可“苗民弗用灵，罔中于信，以覆诅盟。”三苗言而无信，多次败坏盟约。于是分封尧的儿子朱到三苗区域作为监督，“尧子不肖，舜使居丹渊为诸侯，故号丹朱”。可三苗反而妄图拉拢丹朱来对抗黄帝部落。“昔尧以天下让舜，三苗之君非之”。
舜原来主张冷处理“三苗不服，禹请攻之，舜曰以德可也”，但“三苗在江淮、荆州数为乱”，实在忍无可忍，于是“舜伐三苗”，“杀三苗于三危”，三苗一部分南迁至湖南，广西，后世形成南越；一部分西迁至四川、甘肃，后世形成西戎。但此战依旧未能彻底肃清三苗，并且黄帝部落也损失惨重，以至于“南征三苗，道死苍梧”。“舜勤于民事而野死”。军情紧张到连马革裹尸都做不到，“葬于苍梧之野”。舜可谓史上第一位死在军前的君王。
直至大禹时期，三苗“日妖宵出，雨血三朝，犬哭乎市，夏冰、地坼及泉，五谷变化。”出现了严重的自然灾害。“禹亲把天之瑞令，以征有苗，苗师大乱，后乃遂几。”才彻底肃清了三苗问题。从此华夏族在南方再也没有遇到过大的威胁，长江流域也正式纳入华夏族的范围。
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史料节选自《战国策·魏策一·魏策二》、《尚书·吕刑》、《礼记·缁衣·疏》、《甫刑·郑注》、《国语·楚语下》、《六韬》、《吕氏春秋·召类·上德》、《帝王世纪》、《史记·五帝本纪》、《尚书·舜典》、《史记·五帝本纪》、《韩非子·五蠹》、《淮南子·修务》、《礼记·檀弓》
